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O lobo-guará se alimenta, boa parte do ano, de frutos. Com isso, muitas espécies de plantas que contam com as chuvas para carregar suas sementes, ou têm sua disseminação limitada por outros pequenos animais são beneficiadas por um animal que ocupa grande área de vida.
As frutas consumidas pelo lobo, são feitas de forma inteira. Sendo assim, os animais ingerem as sementes, que passam por todo trato digestivo e saem prontas para germinar na terra. As fezes dos lobos são, principalmente no verão, repletas de sementes. Muitas vezes, as fezes são depositadas quilômetros de distância de onde o fruto foi apanhado. Ainda, em alguns casos, ao defecar, não somente as sementes, mas a massa fecal é composta de partes não digeridas de frutos que servem de alimento a insetos que carregarão tudo para dentro da terra, plantando assim a sementes. Isso confere ao lobo o papel de agricultor do cerrado.
Muitas pessoas elegem os lobos como inimigos número 1, devido ao potencial de predação de aves domésticas. Com isso, não percebem este papel de semeador. E além dessa função, ao se alimentar de roedores, que muitas vezes se tornam pragas por investirem contra as sacas de grãos, trabalham também aliados aos produtores controlando assim as populações desses animais. Os mais antigos na roça apontam os guarás como problemas, mas ponderam: “Lobo perto de casa, é um defensor a mais contra ratos e cobras”. Assim, ganham pontos também pelo controle de serpentes nas redondezas das casas. Mesmo não sendo itens principais de sua dieta, as serpentes podem ser predadas, mortas pelos lobos. Tudo em grandes quantidades é prejudicial. O lobo ajuda a controlar e manter em equilíbrio populações vistas pelo homem como indesejadas.
Além das relações diretas na conservação da biodiversidade do Cerrado, a ausência da espécie pode ter também consequências indiretas importantes. Por ser uma espécie carismática, o lobo, apesar de ser perseguido, desperta a simpatia de boa parte da população. Desta forma pode servir como grande atrativo turístico a determinada região. Ao se eleger a espécie como animal-referência, símbolo, campanhas de associação ao turismo ecológico e rural podem ser realizadas, aumento o incremento financeiro de uma propriedade ou região.
O crescimento das cidades e aumento da fronteira agrícola vão cada vez mais diminuindo os espaços naturais para as espécies do cerrado. Este bioma é um dos menos protegidos e por isso foi até categorizado como um dos 20 mais importantes em termos de elevada biodiversidade e da mesma forma enormes ameaças. Menos de 20% de suas terras são ameaçadas. Por mais tolerante ao desenvolvimento que uma espécie possa ser, terá consequências negativas se ambientes naturais não estão disponíveis.
Desta forma, a perda e modificação dos ambientes naturais, geram problemas sérios direta e indiretamente à vida dos lobos. Tais problemas vão desde a falta de espaços ideais para sua sobrevivência à consequências discutidas a seguir, como atropelamentos, encontros com cães domésticos, situações de conflitos com o ser humano. Assim, o lobo-guará é considerado vulnerável à modificação de seu ambiente natural, tendo suas populações ameaçadas em áreas de grandes modificações e atividades humanas intensas.
Enquanto as áreas naturais vão sendo transformadas em grandes campos de soja, pastagens, canaviais, etc, os lobos, que são animais que se movimentam muito, aumentam sua procura por áreas com condições para sua sobrevivência. O Cerrado é um bioma cortado por uma grande malha viária. Com isso, as movimentações dos lobos eventualmente incluem cruzar estradas, rodovias de grande volume de tráfego. Desta forma, uma ameaça severa para a espécie, principalmente para pequenas populações, é o grande número de atropelamentos principalmente em SP, MG e GO (incluindo o DF).
A maioria dos atropelamentos envolvem indivíduos jovens procurando áreas para se estabelecer ou mais velhos, sem muita destreza. Em alguns lugares, estima-se que os atropelamentos sejam responsáveis pela morte de um terço à metade da produção anual de filhotes, o que se torna uma grande ameaça à espécie.
Infelizmente, os atropelamentos não acontecem sem querer sempre. Em alguns casos, motoristas atropelam animais propositalmente. Os lobos são animais que geram antipatia em muitos lugares, sendo um alvo a ser abatido em estradas eventualmente.
Um animal acompanhado por 8 meses na região da Serra da Canastra estabeleceu seu território em uma área cortada pela principal rodovia da região. Depois de cruzar a estrada X vezes neste período, ele foi atropelado. Não morreu na hora, mas a coleira indicou que ele foi arrastado alguns metros. Morreu 3 dias depois da colisão em uma matinha próxima do local do choque.
Outro problema que também deve ser considerado, embora ainda saiba-se muito pouco quanto à sua gravidade, é o risco de obtenção de doenças a partir do contato com animais domésticos, principalmente onde lobos e cães convivem nas mesmas áreas. Lobos-guarás estão sujeitos a várias doenças transmitidas por cães e, apesar de ainda não avaliado extensamente, sugere-se que o impacto destas doenças pode ser significativo.
Estudos na Bolívia e no Brasil, revelam que animais em contato indireto com cães, apresentam indicativos de várias doenças como raiva, cinomose, parvovirose, leishmaniose entre outras. Às vezes a doença não se manifesta, ou seja, o animal somente teve contato com a doença mas o organismo se defendeu e ele não tem sintomas que prejudicam sua vida.
A morte de indivíduos doentes (cinomose, raiva) ou de proles inteiras de animais portadores de doenças (parvovirose), comprometeriam populações antes saudáveis da espécie. Porém não se sabe ao certo o potencial de sensibilização da espécie às doenças que os lobos vem contraindo.
Quanto mais lobo, mais problema. Muita gente ainda acredita que esse animal, um dos maiores da nossa fauna, possa atacar e comer seus filhos, cães, bezerros, ovelhas. Mas isso não procede; é um animal arredio, se alimenta de animais pequenos e muitas frutas. Está muito longe de ser agressivo. Apesar de tímido e temer o homem, é curioso. Assim, quase sempre gera desconforto quando está por perto. Quando a timidez dá lugar à curiosidade e oportunismo, de fato visitas à criação acontecem. Aí se dá o conflito. O resultado quase sempre é negativo para os dois lados. Do lado humano, a perda econômica. Do animal, a perda da vida.
Por isso, talvez um dos problemas mais significativos à espécie seja a perseguição devido a conflitos com produtores rurais. O abate de indivíduos em virtude de retaliação à predação de aves domésticos, é importante principalmente em pequenas populações. Como todo problema de predação de animais domésticos por carnívoros silvestres, a percepção é exagerada com relação ao real impacto do predador envolvido. Estudos mostram que apesar dos lobos sempre levar a culpa pela morte das aves domésticas, outras espécies menos visíveis pelo menor porte e furtividade (furões, cachorros-do-mato, gatos do mato, lagartos, cobras, gaviões, etc), possuem grande responsabilidade e nunca são responsabilizados. Em muitas propriedades, lobos usam como parte da área de vida, e as galinhas são consumidas muito eventualmente, ou nem são consideradas por eles.
Em avaliação na Serra da Canastra, de todo plantel de aves observado, somente 11,6% foi efetivamente predado. Menos da metade dos ataques foram provocados por lobo-guará. No entanto o estudo avaliou que a percepção dos moradores sobre a espécie é ruim, o que corrobora o número de seis animais registrados abatidos por conflitos, em 4 anos.
Ainda que estas reduções por conflitos não sejam o fator primário de ameaça à espécie, observa-se este cenário em diversos locais onde lobos e proprietários rurais dividem espaço.
Métodos de prevenção, como o uso de cães (sob condições de saúde boas e controle, para que não ataquem a criação) e galinheiros resolvem ou amenizam muito o problema.